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追溯伏羲传说的源头，有两条路径，除了上述从古代传世文献中找寻其踪影外，还有一条路径，即神话学、民俗学的方法。
近人对于伏羲最权威的考论是前辈学者闻一多所著《伏羲考》，闻一多此文前半部分从传世文献中搜集了大量龙蛇记载，加上当时已发现的汉代画像砖石，证明伏羲为龙图腾；后半部采集了近50则西南少数民族关于伏羲女娲在洪水过后兄妹婚配再造人类的故事和民俗资料，并加以语音训诂，证明伏羲是南方苗蛮各族的祖先神。此文在以后半个多世纪中被广泛征引，已为不易之论。但近来亦有疑议者，林声认为伏羲的传说不是由古苗蛮民族的遗裔传入的，南方少数民族中洪水后兄妹相婚的传说起于东汉应劭《风俗通义》所记载的盘古；伏羲与女娲也本不相干，两者合谱归宗成为“一家人”是在唐开元之后。常金仓认为闻一多是从抗战时“中华各族团结一致，共御外敌”的政治目的出发立论，以政治代学术，以西方图腾说和人类学理论附会民间传说，伏羲女娲创世立据不足。二人均对伏羲是南方民族的创世神和祖先神的身份提出疑问。
《论衡-谈天》：“说易者曰：‘元气未分，浑沌为一。”《说文》中释“一”时说：“惟初太极，道立于一。造分天地，化成万物。”《列子-天瑞》：“夫有形者生于无形，则天地安从生？故曰：有太易，有太初，有太始，有太素。太易者，未见气也；太初者，气之始也；太始者，形之始也；太素者，质之始也。气形质具而未相离，故曰浑沦。浑沦者，言万物相浑沦而未相离也。视之不见，听之不闻，循之不得，故曰易也。”以未见气时为太易，气初为太初，形之始为太始，质之始为太素，气形质浑然一体而未分离的状态称之为混沌。这个混沌之物即元气，元气未分的状态即太极。
《太一生水》之所谓的“太一”，《老子》之所谓的“道”，《周易》所谓的“太极”，均为宇宙初始时混沌无形的元气。《淮南子-天文》：“宇宙生元气。”《淮南子-诠言》：“洞同天地，浑沌为朴。未造而成万物，谓之太一。”汉高诱注：“太一，元神总万物者。”这个总万物的“元神”，应该就是伏羲。
考索于文字训诂可知，伏羲即为“元气”，其字本义是“司气”。《说文解字》释“伏”为：“伏，司也，从人从犬。臣铉等曰：司今作伺。”段注：“司者，臣事于外者也。司今之伺字。凡有所司者必专守之，伏伺即服事也，引申之为俯伏。”“羲”，《说文解字》释为：“羲，气也。从兮，义声”。“羲”的义项可从“兮”字求索，《说文解字》释：“兮，语所稽也。从八，象气越亏也。”又释“亏”为：“亏，於也，象气之舒亏，从丂从一。一者其气平之也。”“兮”字的本义是气息缓慢延长、越来越弱（故常作为语气词，用于语末表达语气）。因而“羲”的字义本源就是“气”，“羲”字读音也像吹气之声，所以段玉裁从音训上注“羲”为“谓气之吹嘘也。”至于伏羲又写为“伏戏”、“伏犠”等，皆为“羲”字的演化。
“太一”、“太极”形为“混沌”，宇宙起源于混沌。同样，伏羲也源于“混沌”，其原型也是太始之初的混沌之气。
在上文所述《楚帛书甲篇》所记载的创世神话中，伏羲即是生于混沌之中。而且《淮南子-精神》所描述的宇宙创生过程与《楚帛书甲篇》颇为相似：“古未有天地之时，惟像无形，窈窈冥冥，芒芠漠闵，鸿蒙鸿洞，莫知其门。有二神混生，经天营地，孔乎莫知其所终极，滔乎莫知其所止息。于是乃别为阴阳，离为八极，刚柔相成，万物乃形。”世界开始于一团混沌之气，后阴阳剖分，化生万物。对照《楚帛书甲篇》，这里的“二神”当指伏羲、女娲。伏羲、女娲为阴阳二神。从哲学角度上说，是阴阳两仪；从神话角度上说，是伏羲、女娲二神。在汉墓壁画、画像砖石中，伏羲手捧太阳或日规，代表阳；女娲手捧月亮或月矩，代表阴。伏羲、女娲结婚生育四子，才育有万物，这是阴阳化育万物的开始。
在原始神话和民间传说中，创世之前的这个混沌体被形象地表述为葫芦。从混沌到世界的创生过程，被形象化地叙述为葫芦从中央剖开。亦即所谓天地剖判，阴阳分离。《诗经-緜》便有“緜緜瓜瓞，民之初生”的记载，这是古文献所见把人之由来，追溯到葫芦瓜的最早一例。而后在民间神话中，葫芦剖判的母题衍生出大量洪水方舟型的故事，葫芦作为容器成为人类再生的象征，并进而将葫芦人格化为是盘古、伏羲。
盘古神话最早的文字记载是三国吴人徐整的《三五历记》，此书已佚，《太平御览》卷二引有其中一则文字：“天地浑沌如鸡子，盘古生其中。万八千岁，天地开辟，阳清为天，阴浊为地。盘古在其中，一日九变，神于天，圣于地。天日高一丈，地日厚一丈，盘古日长一丈。如此万八千岁，天数极高，地数极深，盘古极长。后乃有三皇。”传说盘古开天辟地，是一位创世大神。而对于盘古与伏羲的关系，前辈学者多有定论：盘古就是伏羲，二者皆由葫芦（混沌）而出。1941年常任侠在《沙坪坝出土之石棺画像研究》一文中说：“伏羲一名，古无定书，或作伏戏、庖牺、宓羲、虑牺，同声俱可相假。伏羲与盘瓠为双声。伏羲、庖牺、盘古、瓠，声训可通，殆属一词。”他并结合《述异记》有“吴楚间说，盘古氏夫妻，阴阳之始也”之说而论断：盘古氏夫妻当即是兄妹自相婚配而繁衍人类之伏羲氏夫妻。伏羲女娲在汉画像石中是人首蛇身交尾，与盘古龙首蛇身雷同，进一步证明盘古即伏羲氏。闻―多在《伏羲考》第五部分“伏羲与葫芦”中，以大量古籍和民俗材料论证指出，盘瓠、伏羲乃一声之转，“明系出于同源”，伏羲与盘古都是葫芦所生，或者说伏羲、盘古均为葫芦的拟人化。伏羲由此而成为人类的始祖。
从音训上说，“混沌”与“葫芦”是对音关系，“混沌”犹言“糊涂”，“糊涂”在俗言俚语中转为“葫芦”。《红楼梦》第四回回目《葫芦僧判断葫芦案》，其意即为“糊涂僧”判断“糊涂案”。而闻一多考论“葫芦”即是“盘古（瓠）”，“盘瓠”、“伏羲”同声之转，故“盘古”又是“伏羲”。这样，“混沌——葫芦——盘瓠——盘古——伏羲”转化演变的路径则十分清楚。
