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根、杜鹃科菌根等特殊的共生关系，这些共生关系在特定生态系统中的存在，增加了植物群落的多样性和稳定性。
真菌在生态系统中还扮演着病原体的角色，虽然这听起来可能对生态系统有害，但实际上，这种病原体作用对于维持生态系统的平衡和多样性同样重要。
真菌病原体能够调节植物和动物种群的大小，防止某些物种过度繁殖，从而为其他物种的生存和繁衍提供空间。
同时，这种自然选择压力也促使宿主物种进化出多种防御机制，增加了生物的遗传多样性。
真菌在生态系统中的营养循环作用也不容忽视。
除了作为分解者释放营养元素外，某些真菌还能够通过生物固氮、溶解矿物质等过程，直接或间接地影响生态系统的营养状态。
例如，一些真菌能够与蓝细菌共生，形成地衣，这种共生体能够在极端环境中生存，并通过固氮作用为生态系统提供氮源。
此外，真菌还能够通过其广泛的菌丝网络，在土壤中形成微小的管道，促进水分和营养物质的运输，这些管道有时被称为“真菌高速公路”，它们在土壤中的存在极大地提高了土壤的结构和功能多样性。
