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这支水师舰队的军费，就是是由联合舰队在南海上向所有商船征收的海关税，税率也不高，就百抽一。
所有在南洋十国范围海洋内航行的商船，都要上缴这笔海关税，统一由联合舰队征收，只要上缴过一次后，便可领取一张纳税单，获得一面旗帜，然后就可以在整个南洋上通畅航行了。
联合舰队甚至对十国联盟成员国的商船给予特殊优惠，可以按商船大小，直接包税，按年缴纳会员费，然后一年内就不再须缴税，不管航行多少次，装多少货物，都不管了。
这笔海关税是由秦琅提议征收的，做为联合舰队的特别军费，专款专用，购买、维护舰队的船只、武器，修建和维护水师基地，水师士兵的军饷赏赐，并做为作战军费。
正是有了这笔钱，所以现在联合舰队兵力都已经增加到了一万，水师基地好几个，舰船、武器等都不错，训练方面也很充足，待遇粮饷也还行。
联合舰队设有一个总参谋部，由联盟十国派将军组成，不过实际上这个联合舰队是由吕宋控制的，总参谋部只是沟通各国，并军事情报共享等。
指挥方面是由秦琅任命的统领处负责，总统领也是舰队的最高指挥官，下面几个统领副统领分别负责人事、训练、装备、后勤等。
联合舰队不属于吕宋武装序列，是隶属于南洋宣慰司的，所以也算是唐军，他们的主要职责，就是维护南洋地区安宁稳定，打击海贼，护卫航线，保护商船，甚至海上救援，以及有义务和责任，打击联盟各国内的叛乱份子等。
尤其是这后面的这一条，甚至为联合舰队干涉盟国内政留下了窗口。
