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张居正一听是洪朝选举荐的人，心中一下子就警惕起来了，他一向不希望洪朝选，认为他和他的福建老乡李默一样过于清高，看不清形势，当然张居正也清楚，这也是朱载坖的帝王心术，现在处理此案的劳堪和张学颜都是张居正举荐的人，当然也要派遣一些不是张居正派系的官员去处理此案才行，否则万一他们联手糊弄朱载坖这个皇帝怎么办？
所以对于朱载坖准备派王宗沐赴淮安查察本案，张居正也是同意，同时张居正也向朱载坖举荐工部尚书总督河道潘季驯查察本案，对于张居正的举荐朱载坖也予以接受。
对于台谏的上疏，朱载坖一律留中不发，随后下达诏书，升南户部左侍郎王宗沐为南刑部尚书，与工部尚书总督河道潘季驯、锦衣中卫指挥佥事刘守有、内官少监陈矩一道，以钦差查察本案。
朱载坖同时再次下达命令，以今年漕渠事故频发，漕粮损失严重为由，直接暂停了今年的运河运输，命令东海水师和北洋水师一道，雇佣地方海船，协助朝廷转运漕粮和秋粮。
朱载坖的诏令下达之后，满朝一片哗然，原本大家都很清楚，这些运河上发生的事故，是反对河海兼运的这些势力制造出来的，借以给朝廷施加压力的，没想到朱载坖直接下令暂停河运，这不是更加刺激这些人吗？
很多官员都向朱载坖上疏，认为不宜过于激进，毕竟事缓则圆嘛。但是这些奏疏都被朱载坖留中不发了，同时总督仓场户部尚书王国光向朱载坖上疏，请求对于水次仓和沿运河的仓库予以清查，查察其中的情弊。
在张居正的支持下，朱载坖同意了王国光的上疏，遣王国光为钦差，持节赐天子剑在亲军诸卫的护送下清查各水次仓。
