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关键是应该怎么处理此事，之前朝廷派遣的钦差都是以处理漕运问题为主的，现在看来，此案牵涉的范围远远不止漕运问题，还涉及到这些地方豪强，也就牵涉到地方官府了，朱载坖命令浙直总督杨继盛与潘季驯、王宗沐、劳堪等人一道查察本案，对于涉及到地方官府和豪强的，由杨继盛予以处理。
张居正认为要以此案为契机，彻底废除粮长制，由朝廷直接征收赋税，不再假手与地方豪强，这个建议得到了朱载坖的支持，在朝廷实行吏员考选之后，朝廷的官吏人数增加了不少，对于地方的控制力也加强了不少，不再需要这些地方豪强再来征收赋税了，由朝廷直接征收，官收官解，可以避免这些豪强们借帮助朝廷征收赋税盘剥百姓，转嫁税粮。
而鄢懋卿等人也建议，趁此机会，对沿运河的水次仓予以全面的清查，查清楚其中的情弊，朱载坖于是以密旨的形式诏令王国光等人，对临清、德州、徐州、淮安等地的水次仓予以检查，查明其中情弊，将此次漕船倾覆案的真相穷就到底。
此次清查的重点主要是南直隶的淮安、徐州两水次仓，这里是南方粮食运送的，户部在此地还有分司，所谓司内宰之分职，而外方伯之事，尤其是淮安仓，是大明漕运的中心枢纽，漕运的要害，大明漕粮总数为六百万石，其中运军兑运者达三百八十万石，主要由淮安仓转运存储，
支运粮仅占十分之三四，由徐、临、德等仓转运。淮安水次仓的地位大大增强，
不仅是江南漕粮转运的，而且收粮数目巨大，江南数省的漕粮几乎都是从此处装船北运。
朱载坖命令潘季驯等人对这些水次仓予以检查，同时命令浙直总督杨继盛查照隆庆十三年漕粮和起运钱粮数目，与水次仓的数目进行比对。
