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1997年，金力回国后被聘为复旦大学生命科学学院兼职教授。
1998年，金力参与创建国家人类基因组南方研究中心，并担任副主任。
2001年-2004年间，金力担任美国辛辛那提大学医学院教授，其中2001年获得终身教职。
2002年，金力被聘为科技部973项目首席科学家。
2003年-2008年，金力担任复旦大学生命科学学院院长。
2005年，金力全职担任复旦大学生命科学学院教授。
2005年-2010年间，金力参与创建中国科学院-德国马普学会计算生物学伙伴研究所，并担任共同所长。
2006年，金力获得国家杰出青年科学基金项目资助。
2007年6月，金力担任复旦大学副校长兼研究生院院长。
2011年4月，金力担任复旦大学党委委员、常委、副校长。
