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张居正在自己的这份奏疏中主要是想向朱载坖阐明自己的施政方略和改革方向，张居正的改革仍然是以理财为抓手的，张居正认为大明现在的财政制度仍旧不够完善，需要予以改革。
张居正请求朱载坖，二三年内不动兵戈，因为现在南倭北虏，都已经宾服了，对于大明来说，短期内是没有外寇能够对大明造成威胁的，所以张居正请求朱载坖二三年不动兵戈，为张居正的改革创造条件。
同时张居正要求重阁权，省议论，就是要求加强权力，尤其是内阁和中央的权力，减少科道对于内阁的干扰，以便于张居正更好的推动改革，其实张居正就是要权，朱载坖也很清楚，张居正一直是想大刀阔斧推动改革的人，对于他来说，需要朱载坖的支持，需要朱载坖的授权，才能够压制朝中的反对派。
朱载坖当然也很清楚张居正的想法，毕竟朱载坖用张居正就是希望用他来推动改革，帮朱载坖挡枪的，现在朱载坖需要一个强势的首辅来帮助他压制朝中的反对声音，推动朝廷的改革，所以对于张居正的密疏，朱载坖并没有予以拒绝，而是让张居正陈述详细方略。
在张居正到任之前，朱载坖还是要处理一些剩余的事情，主要就是此次征虏的扫尾工作，对于这次立功的军官士卒，不仅仅是要予以物质上的赏赐，还要予以官职的升赏，朱载坖命令将年二十五以下，能够识字的士卒选送国子武学培训，虽不识字，但是斩首三级以上的，也可以选送国子武学，先识字，在读书，在国子武学学成之后，分配到各镇担任军官。
同时重新启动之前暂停的镇协体制改革，这次不仅仅是在九边推动镇协体制改革，还要在内地也试行镇协体制，根据练兵军务处和兵部的统计，如果全部实行镇协体系之后，九边各镇的兵员将会从现有的六十八万下降到四十六万多，但是官军的战斗力将会得到很大提升，士卒的待遇也有保障，空饷也得到极大的遏制。
而且朱载坖还对九边的指挥管理体制予以了调整，之前从辽东到甘肃，大明一共设立了七个都司，管理相应的辖区：辽东都司、北平都司、山西都司、陕西都司、后改大宁都司、山西行都司、陕西行都司。朱载坖认为，现在随着大明防线的延长和防御纵深的增加，原本的七个都司肯定是不够的，在陕西行都司和大宁都司之间以万全都司为骨架，加上开平卫，设立新的万全都司。
同时在河套以宁夏诸卫为骨干，新设立宁夏都司，同时向关西七卫编入陕西行都司，将原陕西行都司改为甘肃都司，沿大明九边共设立九个都司，负责防御和充实边关，为镇协官军提供兵员，在战时协助转运军需等事情，减少朝廷临时征发民夫的行为，同时保留一部分现役军队，负责守卫边防线，还有就是在农闲时组织军余子弟进行训练，保证预备役部队有一点的战斗力。
而在内地进行的镇协体制改革主要是在南直隶和湖广，这两个地方都是地域广大，而且对于大明来说十分重要的地方，南直隶就不说了，大明的龙兴之地，留都所在，更是大明的经济重心，朝廷的财政支柱，而湖广则是大明的粮仓，这两地都是要害所在，必须加以重兵屯驻，以防不测，仅仅一镇官军是不够的。
